死者の怨念、情念が世俗に固執した形。一種の幽霊のような存在である。ゲーム中では主に半透明の姿で登場し、スミス同盟に世界観の説明やゲーム攻略のヒントを与えることが多い。
劇中、イワザルはスミス同盟に殺られた人物が残留思念となると説明しているが、実際には同盟と無関係な死者も残留思念として登場している。
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この節ではゲーム開始時から一定のパターンに従い複数回現われる残留思念についてのみ説明するが、作中では他にデポール、ウルメイダ、キバとクララ、キスギ、カーティス、ハンサムブラック、キーン、ミルズが残留思念として登場する。
イワザル (Iwazaru)
本名（自称）ヴェンツェル・ディル・ボリス7世・イワザールスコフ (Vincel Dill Boris VII Iwazaruscof)。ハーマンに仕える残留思念。killer7の行く先々に現れて、「御主人様（マスター） ヤバイです」といった敬語と口語が入り交じる独特の口調で助言を与える。常に締め括りに使われる「我はハーマンの名の下に…」の言葉通りハーマン・スミスただ1人に忠節を誓っており、他の人格に対しては軽蔑の念を隠さない。一見落ち着いた態度と裏腹に俗な性格をしており、何かと外部に興味を示したり感情的な言動が多い。イワザル自身の言によれば過去ハーマンに殺され、その事を感謝しているという。
赤い拘束着で全身を包み、ボールギャグを咥えて目蓋を縫った本格的なボンデージスタイル。常に中空からロープで吊り下げられた姿で現われる。ポーズも常時固定で右手は口を閉じさせるように人差し指を口の前に立て、左手は相手に触れるか押し止めるかのように胸の前に差し出されている。
ゲーム中では主にチュートリアルや謎解きのヒントを与えるキャラクターで、その性質上最も登場回数が多い。その登場頻度と特徴的でコミカルな口調から、ゲームの陰の立役者と言える存在感を持つ。
トラヴィス・ベル (Travis Bell)
第二次スミス同盟において、ハーマンが最初に殺った標的。以来、執拗にスミス同盟の前に現れては時に挑発し、時にアドバイスを与える。「ぶっちゃけ」「実際」という口癖と、語尾に「-だべ」と付けるくだけた口調が特徴的である。
主に黒のタンクトップでリラックスした姿で現われる。眼球の無い剥き出しの眼窩が特徴。タンクトップのコレクターで、登場するたび毎回シャツのプリントが変わっている。
イワザルに次ぐ出現頻度を持つキャラクターで、イワザルがゲーム攻略に関するヒントを多く与えるのに対し、トラヴィスは物語の背景説明を主とする。挑発的ながらどこか憎めないキャラクター性から、イワザルと並んでゲームのマスコット的な存在となっている。
キカザル (Kikazaru)
イワザルの「保証人」とされる残留思念。やはりハーマンに仕えており、魂弾が存在する付近に静かに現われる事で同盟（プレイヤー）に魂弾の所在を報せている。
イワザルの拘束着に似た白のコスチュームと顔全体を覆うマスクという姿で、中空から手足を吊り下げられた形で現われる。劇中では言葉を発さず、ふっと現われては消える掴み所の無い存在。
オ・ユニオン (Yoon-Hyun)
情報屋の残留思念。情報屋としてはミルズの前任者にあたり、当時の表の顔はユニオンホテルグループ総裁。ホテル・ユニオンで原因不明の死を遂げるもその後残留思念となり、謎がある場所でスミス同盟の前に現れてヒントを与える。「ちょと複雑ね」というような外国語訛りの片言の口調が特徴。
飾り気の無いループタイの簡素なスーツルックで、中年の東洋人らしき風貌。小脇に京劇風の仮面を抱えており、これを撃つと仮面を顔に着け仮面は同盟から濃い血液を吸い取り、「正銘の仮面」となる。正銘の仮面は通常のオ・ユニオンとは別人のように振る舞い、尊大な態度で同盟を「負け犬」と罵るが、より直接的なヒントを与える。正銘の仮面の言葉はオ・ユニオンと違い流暢で、ナンセンスな言葉遊びを得意とする。
ケス・ブラディサンデー (Kess Bloodysunday)
『Hand in killer7』ではスペルはKess Bloody Sunday。名字（意は血の日曜日事件の項参照）の通り休日に死亡した、まだ幼い少年の残留思念。天才的な「殺人習性」の持ち主で、幼くして既に精密爆弾を作れるだけの知能を持っていた。無自覚的に少なからず殺人を犯しており、危険因子として依頼を受けたkiller7に殺られている。本人は自身の死をよく理解しておらず、加えて頻繁に見る悪夢と現実を混同しておりその言葉はしばしば支離滅裂である。その悪夢は予言的な性質を持つのか、killer7が次に戦うボス敵の特徴を言い表しており、プレイヤーにとって敵の攻略のヒントとなる。
血痕のついたシャツと半ズボン、常に恐怖に引きつった表情に見開かれた白目が特徴。『Hand in killer7』年表によればスペイン出身とされる。ゲーム上ではボス攻略の重要なヒントを与える存在で、その性質上唯一メッセージスキップが禁じられているキャラクターである。しかしこの特性は一度クリアしたプレイヤーにとっては苦痛となりうるためか、『コンプリートガイド』の中ではケス本人から読者に向けての謝罪の言葉が書かれている。
スージー・サムナー (Susie Sumner)
少女の残留思念。他の残留思念と異なり、生首だけの不透明な姿で現われる。生前に引きこもりの傾向があったためか乾燥機や箱の中など、極端に狭く暗い場所を好んで現れる。発音されないが「ごきげんよう スミスさん(´－`)ﾉ」というように顔文字を混ぜて喋り、主に自分の過去の思い出について語る。その内容は社会性が欠如した暴力的なものであり、話の展開が唐突で感情の浮き沈みが激しく、サイコパスであるとも推測できる。生前、家族を含む近親者に暴力を振るい殺傷し、政府の監察下で遊離病棟に保護されるも、そこでもたびたび担当者を殺害。最終的に依頼を受けたスミス同盟に殺されている。
出現時、常に指輪（リング）を口に銜えて現われる。スージーは指輪をスミス同盟の「忘れ物」としており、話の途中で同盟に返却する。
ミザル (Mizaru)
イワザルの離婚した元妻とされる残留思念。カエデに仕えており、カエデの血によって呼び出され結界を指さすことで破壊に協力する。ボンデージスーツに身を包んだ女性の姿で、常に目を手で覆っている。
『コンプリートガイド』での小林プロデューサーの発言では、ミザルとイワザルとは愛憎めいた関係であり、二人は性の不一致から離婚したとされる。
カルトメンバー (Cult Member)
「雲男」の章に登場する、ウルメイダの熱狂的信者の残留思念。ウルメイダを「神」と称え、同盟にウルメイダに会うためのヒントを与える。
リーゼントヘアーにピンクのジャンプスーツという奇抜な風体。「雲男」の章ではイワザルはウルメイダのアフロヘアーを生理的に受け付けられないと登場を拒否するため、その代わりといった役割を果たす。
敵対者
天使 (Angel)
「天使」の章において多目的施設セルティックを根城とする「笑う顔」の親玉（ボス）。その正体はクン・ランの傀儡である。人間の敵対者「笑う顔」の立場からハーマンを挑発する。
美少女の顔で黒のワンピースドレスを着、背中に天使の羽根を持つという、日本のオタク・カルチャーにおける物語に多く見られる類型的で、通俗的な解釈の天使像の姿をする。加えてその顔は物語世界のイメージと異なる萌え絵調にデザインされており、これらを須田剛一ディレクターはクン・ランがハーマンに向けて行なった悪ふざけだと説明している（『Hand in killer7』より）。
背中の2対の羽を撃ち落すと、血涙を流し醜く微笑んだ表情に一変する。羽の付け根があった箇所にはグロテスクに赤黒いクン・ランの顔が浮き出、この顔が弱点となる。『コンプリートガイド』ではこの状態の天使は「堕天使」と呼ばれる。
クン・ラン (Kun Lan) 年齢不詳（声：Joe Lala）
国家の転覆を企図するテロリストであり、「笑う顔」の生みの親。各国要人とパイプを持ち、「東の大国」の非公式な指導者とされる。ハーマンにとって因縁の宿敵であると同時に親しくチェスを愉しむ良き友人であり、ハーマンの過去に寄生して存在する「隣人」でもある。
右手に「神の手」の力を宿しその能力は計り知れないが、一例としてこの手で触れた人間を「笑う顔」に変える事が可能である。ハーマンに並ぶ超越的な存在として描かれ、劇中でも瞬間移動や発射された対戦車ライフル弾を素手で掴む超人的な身体能力を見せる。一方、敵役にも関わらず戦闘描写と呼べる程の描写は殆ど無く、作中の重要な場面にたびたび登場している反面、自身が直接ストーリーに関わることは少ない。
中国・チベッタンの混血。チベット出身。緑のフロックコートとシャツを立衿にして着こなす洒落者。極端に青白い体色と真赤な瞳が非人間的である。
『Hand in killer7』ではより詳細なプロフィールが明らかになっており、ここでのクンはマーラ・パーピナーの化身とされる。転生しラサの代議士の息子として生まれるも、その時点で既に成人であり（同書の年表に従えばゲーム開始時点でクン・ランは260歳であるが、この転生と成人降誕のためか年齢不詳とされている）、3歳にして秘密結社の指導者の座に就く。アメリカ留学の後、チベット国籍を失い密入国にて世界各国の裏社会を放浪。当時日本でタクシー運転手も務めているという。
ジャン・デポール (Jean DePaul) 23歳（声：James Horan）
国際倫理機関が派遣した国際A級諜報員。ジュリア・キスギの抹殺を目的として料亭フクシマの見習いコックに偽装して潜入する。国際倫理機関の思惑はキスギによるトオル・フクシマ暗殺を阻止し、日本の外交政策を対立路線のまま維持させることにあったが、使命は果たせずフクシマ暗殺を許してしまう。しかしこの間にkiller7と「笑う顔」、キスギの三つ巴の混乱の中、フクシマが持つ八雲の奪取に成功。その後、日合会談を阻止する使命を帯びて角ビルに向かうが、標的を目前にしてマスク・ド・スミスに阻まれ自害する。
少年時代マスク・ド・スミス（プロレスラー当時）のファンだったが、長じてプロレスのショー的な側面に疑問を抱き一転してプロレス批判派に転向。しかしその心情は愛憎半ばする複雑なものであり、マスク・ド・スミスに敗れることで再びプロレスへの愛を取り戻した。
端正な面立ちの青年。初登場時はコックの姿、後に戦闘服姿で現われる。得物は二丁拳銃。デザインのモチーフはベレッタM8000と思われる。
敵キャラクターとしては「落日」後編に登場。通路の死角を利用したヒット・アンド・アウェーで攻撃する。銃弾の直撃ではダメージにならないが、頭上の梁を銃撃で叩き落として直撃させればデポールは敗れ、自動的に自害する。
ジュリア・キスギ (Julia Kisugi) 22歳
自民会に雇われた殺し屋。トオル・フクシマ暗殺のため秘書として潜入し、料亭フクシマでのハーマンとの会談中の隙を突きフクシマを銃殺。燃え盛る料亭からの脱出中「趣味」でkiller7と決闘を行ない、敗北。身に付けていたペンダントに仕込んだ小型爆薬で自害した。平凡な幸せを享受できない殺し屋の人生に疲れており、死後残留思念となったキスギは敗北をむしろ喜んでいる。
秘書としての偽装のためか、眼鏡をかけ黒髪を後ろにまとめ、ビジネス向けのレディーススーツという機能重視の簡素なファッション。得物は軽量カスタム化した45口径の二丁拳銃。デザインのモチーフはコルト・ガバメントと思われる。
「落日」前編のボスとして登場。一対一で銃を撃ち合い、制限時間1分の間にどちらがより多くの命中弾を当てたかによって勝負が決まる。
ヒロヤス・クラハシ（Hiroyasu Kurahashi）
シンヤ・アキバ（Shinya Akiba）
それぞれ通称クララ、キバ。ともに国連会の重鎮。その手を汚しながらも戦後日本の復興を担った老獪な男たちである。「落日」後編で日本転覆を目前にマツケンの責任を追及し、逆上したマツケンに頭部を撃ち抜かれるが、この時すでに2人はクン・ランの手で非人間化しており死ぬことは無かった。2人はクン・ランによって覚醒したマツケンに次代を託し、無念を晴らすため合衆国の尖兵であるkiller7と対決。返り討ちに遭うも日本に懸ける意地や執念は死後も衰えず、残留思念となってなお悟り切ることがなかった。
クララはスーツ姿の大柄な男性、キバはノーネクタイで禿頭の老人といった容姿。マツケンに頭を撃ち抜かれて以降、頭蓋が半分吹き飛び血塗れの凄絶な姿のまま行動する。
ボスキャラクターとして2人セットで登場。咳とともに露出した脳から脳漿を弾き出し、プレイヤーキャラクターに向けてぶつけようとする。戦闘中、2人は基本的に銃弾を受け付けないが、唯一クララのネクタイに当たり判定があり、ネクタイを撃って弾き飛ばすと傍らのキバがネクタイを直すために横を向く。このネクタイを直している間だけキバの脳にある核（コア）がプレイヤーの方を向き、攻撃が可能となる。核を撃ち続けてキバが斃れた後は、クララが時々倒れたキバの方を向いて嘆くのだが、この時にクララの核が剥き出しになる。これを撃ち続けることでクララも死亡する。
このあまりに奇抜で異様なボス戦のアイデアを須田ディレクターが三上プロデューサーに伝えたとき、三上も「なんでそんなことを考えついたんだ？」と言わずにおれなかったが、結局は須田の発想を尊重しそのままゲームに採り入れる事になったという。[7]
アンドレイ・ウルメイダ (Andrei Ulmeyda) 27歳（声：Cam Clarke）
巨大企業「ファーストライフ」会長兼CEO。元はしがない郵便局員だったが、「八雲当時内閣政策論」の一部を入手しファーストライフを創設。会社は一躍人気企業となり、自身も本社のあるウルメイダ・インターシティのカリスマ的存在に。死のリスクを体感しなければ生の実感が得られないという死生観の持ち主で、世界中のあらゆる致死性の病原体に感染しては治癒するという危険を冒し続けてきた。しかし潜在的な「笑う顔」となった彼はこの克服が不可能と知り、人気アイドルのライブ会場を爆破するという過激な挑発でkiller7に自分の捜索を要求。対面を果たしたkiller7に、自分を「笑う顔」化した時に殺すよう涙ながらに依頼する。「笑う顔」化したウルメイダは理性を失い暴走したがkiller7に駆逐された。
アーカンソー州出身。テキサス州在住。大胆なアフロヘアーに「TEXAS BRONCO」（「テキサスの荒馬」の意）とプリントされたTシャツという前時代的なファッション。「雲男」の章のボスキャラクターとなる「笑う顔」化したウルメイダの体からは無数の触手が伸び、頭からアフロヘアーが分離。アフロヘアーはウルメイダの体と触手で繋がって中空に浮き、赤色の核（コア）として唯一の弱点となる。
カーティス・ブラックバーン (Curtis Blackburn) 59歳（声：Alastair Duncan）
殺し屋。過去「シアトル自衛団」に所属し、同団員だったダン・スミスにとっては殺しの師匠にあたる。そして弟子である当時のダンを殺したのもこの男である。シアトル自衛団から脱退の後、合衆国官公庁に潜伏。裏では移民局を通して孤児の人身売買や臓器売買で私腹を肥やしていた。少女を性対象とするペドフィリアで、孤児のうち女子は引き取って自邸に囲い、さらには少女達を殺し剥製にした上で自室の壁に並べるという猟奇的な行為にまで及んでいる。
「邂逅」の章冒頭でカーティスは人身売買ルートを独占したペドロへの報復として移民局を襲撃し虐殺を行なうが、この行動が政府の不興を買い、killer7の暗殺対象とされる。ペドロ自身にも制裁を加えた後、私邸でダン・スミスと対決。一騎打ちの決闘に敗れ、過去手にかけた少女達のように剥製にされた。カーティス自身のダンへの評価は複雑で屈折しており、死後に残留思念となったカーティスの言葉からは、いずれ自分を殺す敵手としてダンを望んでいたと見られる節もある。
シアトル出身。イングランド系。白髪に髭のダンディな男だが、白地に青のアクセントが派手なジャンプスーツを着用。得物は自動拳銃2丁（移民局襲撃時は1丁）。デザインのモチーフはオートマグIVと思われる。銃身に施された金のエングレーブが特徴。
「邂逅」後編のボスキャラクターであり、肩に留まった鳩が飛び立つのを合図に早撃ちで勝負するという決闘を行なう。
アヤメ・ブラックバーン (Ayame Blackburn) 16歳（声：細野雅世）
カーティス・ブラックバーンの養女であり、カーティスが育て上げた暗殺者。カーティスを守るためkiller7の前に2度立ち塞がる。
カーティスの趣味か、日本の女子高生の制服のようなブレザースタイルのコスプレに、萌え絵調の顔が描かれたマスク（「天使」の姿が伏線となり、これが素顔でなくマスクであるという事実は後々までプレイヤーに意識されない）で武骨なサブマシンガンを構えた異様な出立ち。登場時に必ず美少女戦士物アニメめいた見得を切り、その時の自称は「教育的指導促進委員会会長（ヘッドマスターニートガール） アヤメブラックバーン・サバイブ」。この見得切りの演出自体はアニメ調だが、時代がかった口上は勧善懲悪物の時代劇のようでもあり、名の後に「サバイブ」と加える命名には須田ディレクターが傑作と評する特撮番組『仮面ライダー龍騎』へのオマージュが見て取れる。
得物はサブマシンガン。デザインのモチーフはH&K MP5Kと思われる。「邂逅」前後編に現われ、高速移動とサブマシンガンの乱射でプレイヤーを撹乱する。暗闇の中では攻撃を一切受け付けない特性を持っており、プレイヤーはマップ中に点在する明かりの下にアヤメが現われるのを待って攻撃しなければならない。
ハンサムマン (Handsomeman)
「匿名仕置戦隊“ハンサムマン”(the Punishing Rangers the HANDSOMEMAN)」。『コンプリートガイド』ではスペルは 'Handsome man'。ZTTコミック社（ムービーに映るコミックの表紙ではZK COMICS）の週刊アメリカンコミック「AMAZING!! HANDSOMEMAN」の主人公である架空のヒーローチーム。及び、現実に存在し事件を起こす犯罪集団。総員9名。大手広告代理店エレクトロ&ライン社の広告戦略の元、コミックの展開が現実に起きるというメディアミックス展開が行なわれていた。コミック版のアーティスト（作家）はトレヴァー・パールハーバー。劇中でミルズが、ハンサムマンは合衆国軍部が開発した対「笑う顔」兵器だという噂を口にするが、事実関係は不明である。
コミックでの予告通り民産党幹部スティーブ・サンダーソンを殺害。エレクトロ＆ライン社の指示でトレヴァーを抹殺するが、同時にkiller7と遭遇。この時ハンサムブラックが殺害されるが、その後やはりコミックの予告通りkiller7と対決、ブロードウェイで果死合（ハタシアイ）を行なう。killer7を「鬼畜地獄殺戮魔道隊」と呼ぶ。
アメリカンコミックとしては異色の、日本の戦隊ヒーロー風の色違いの無個性なコスチュームに全身を包んでいる。マスクは頬と口が露出しているデザインになっているが、劇中言葉を喋る間もこの口が動かないことから、これ自体もマスクの一部であると思われる。カラーリング以外の最大の個性はマスクのデザインで、目元のバイザーの分割数が各人で異なっている。以下、バイザーの分割数と対応するメンバー名、特徴を列記する。
ハンサムレッド - リーダー格。果死合第1死合でハーマンと戦い敗北。
ハンサムブルー - 果死合第6死合でダンと戦い敗北。
ハンサムライトブラウン - 女性。果死合第4死合でカエデと戦い勝利。
ハンサムデッド - デッドは重い色の意か。コスチュームは赤茶色である。メンバー中最も身長が高い。果死合第5死合でケヴィンと戦い勝利。
ハンサムパープル - メンバー中唯一肥満した体形。果死合第7死合でマスクと戦い敗北。
ハンサムホワイトパール - 小柄な体形。果死合第2死合でコンと戦い勝利。
ハンサムブラック - 果死合より前に一人ダンと対決し死亡する。
ハンサムピンク - 女性。果死合第8死合でガルシアンと対峙するが、ラブ・ウィルコックスの干渉により中断。
ハンサムゴールド - 果死合第3死合でコヨーテと戦い敗北。
バイザーから光線を発射する「ハンサムウィンク」「ハンサムビーム」を得意技とするが、果死合では相手の武器に合わせた得物を使う。果死合はゲーム上のボス戦のように演出されるが、実際には予め勝敗が決められた強制イベントである。
グレッグ・ナイトメア (Greg Nightmare)
合衆国文部省長官。合衆国の選挙システムにまつわる陰謀に加担していたが、マツケンによってコバーン小学校の体育館ステージで首吊りにされる。死後「笑う顔」として覚醒し、ブラックヘヴンスマイルを生み出しkiller7を苦しめる。
得物は黄金銃（ゴールドカスール）。極端に肥満した体形でスーツ姿。ボス戦では首吊りになったまま黄金銃でプレイヤーキャラクターを狙う。この時、振り子を弾く要領でナイトメアの体が激しく左右に揺れるように銃撃すると、遠心力でズボンが脱げる。露出した脚部は「笑う顔」の体表のように赤紫に変質しており、股間には赤い核（コア）が弱点として存在する。腕しか動かない（実質散発的に銃を撃つ事しかしない）ため攻略は比較的容易いが、核を破壊すると下半身が四散し、その傷口からブラックヘヴンスマイルが7体発生する。